לפי ראשונים רבים, באותם ארבעים יום שמשה רבנו היה על הר סיני נאמרו לו פרשיות אחרות וגם הציווי על הקמת המשכן. הכוונה היא שאותו כבוד ה', הענן, שהיה חונה והיה נראה בהר סיני, חביון העוז הזה ישכון על המשכן ועל הכרובים. היה גילוי שכינה במעמד הר סיני, וזה שימש לאחר מכן כמקום השראה הן לדיבור למשה רבנו והן להנהגת כלל ישראל, שראו שממקום זה שואבים התרוממות רוח והשפעות תרומיות שמרוממות את האדם מבחינה רוחנית.
בפרשתנו מופיעה המצווה לבנות את בית המקדש,אשר אליו יעלו לרגל,בו יקריבו קרבנות וממנו עם ישראל ישאב קדושה. בזמן שבני ישראל היו במדבר היה המשכן, אולם לאחר שנחרב לא התקדש מקום המשכן לדורות. ה'מנחת חינוך' אומר, שאפילו אם נדע את המקום המדוייק שבו עמד המשכן בשילה או בנוב - המקום לא התקדש. גם הר סיני, למרות שהיה עליו גילוי שכינה, לאחר שהסתיים המעמד, אפילו הצאן והבקר יכלו לרעות שם. רק מקום המקדש בירושלים התקדש על ידי שלמה לשעתו ולעתיד לבוא לעולמי עולמים.
המשכן וכליו אינם רק חפצים בעלמא, אלא כל כלי רומז למשהו מסוים. לא היה מספיק שאומנים יבנו וייצרו את המשכן וכליו מבחינה טכנית, אלא היה צורך באדם שיודע לצרף אותיות שבהן נבראו שמים וארץ, שיודע מה רומז כל כלי בעולמותהעליונים, ומה רומזת ההצטמצמות שלו בעולמנו. כל פרט שחסר שם, ולו הקטן ביותר, היה פוגם. דווקא בצלאל נבחר לבנות את הכלים. סבו של בצלאל נהרג כאשר ביקש למנוע את מעשה העגל, לכן ודאי שלא היתה לו שום מחשבה פגומה. את הארון ואת הכרובים בנה בצלאל בעצמו, שהרי בתוך קודש הקודשים הוכנסו צורות, והרי היהדות שלפה את חרבה להלחם נגד כל הגשמה, אולם בצלאל התכוון אך ורק לשם שמים .
כבר הובטח לנו על ידי הנביא יחזקאל שייבנה בית שלישי. גם כאשר אין עדיין אפשרות מעשית, לשיטות מסויימות, לבנות את ביהמ"ק עלינו לעשות את ההכנות בשני תחומים. ראשית, לומדי התורה צריכים להתעסק יותר ויותר בלימוד 'קדשים' ו'טהרות', שלא היו אקטואליים בגלות ורק בודדים עסקו בהם. וכן מבחינה מדינית, כשם שעם ישראל חוזר וגואל את ארצו, ולא פחות מכך, צריך לגאול את מקום המקדש ולהחזירו לבעלות עם ישראל.
אין לנו מקומות קדושים, אלא רק מקום אחד, והוא אינו קדוש מצד עצמו אלא משום שעם ישראל קידש אותו בזמן שלמה המלך. בחוברת 'לשלושה באלול' מסופר שהנציב הבריטי שאל את הרב קוק האם רצון היהודים הוא להרוס את המסגד שבהר הבית ולבנות שם בית מקדש. ענה לו הרב קוק, שהעולם יתרומם לדרגה כזו שיבינו את הצורך במקדש, ואומות העולם עצמן יבקשו מעם ישראל לבנות את ביהמ"ק, כי זה גם לטובתם.
יהי רצון שנזכה להחזיר את מקום המקדש לבעלות עם ישראל ונוכל לשמור על קדושתו של המקום, עד שיערה עלינו ה' רוח ממרום, ויתקיים בנו הפסוק "נָכוֹן יִהְיֶה הַר בֵּית ה' בְּרֹאשׁ הֶהָרִים וְנִשָּׂא מִגְּבָעוֹת וְנָהֲרוּ אֵלָיו כָּל הַגּוֹיִם" וממנו תצא אורה לעולם וממנו תצא הוראה לעולם.
